La géographie à l’ouest de la rivière Missouri demeurait un mystère pour les colons américains de la fin des années 1700. Le membre du Congrès Thomas Jefferson avait essayé sans succès d’organiser une expédition d’exploration en 1783. Lorsque le propriétaire de plantation Jefferson est devenu président en 1801, la motivation pour atteindre le Pacifique par voie terrestre comprenait une peur d’une expansion britannique, aggravée par la traversée fructueuse de l’Amérique du Nord par Alexandre Mackenzie plus au nord en 1792 et 1793. Le capitaine Lewis avait déjà reçu ses ordres et il avait commencé la préparation d’une expédition lorsque l’achat de la Louisiane a été adopté en 1803. L’achat de la Louisiane impliquait la vente des terres de la Louisiane par le leader français Napoléon (qui les avait reçus de l’Espagne) aux États-Unis pour quinze millions de dollars.
Jefferson a dit au ministre espagnol que l’expédition en était une pour recueillir des données scientifiques. En se basant sur les minutieuses notes sur la flore et la faune prises par Lewis, Clark et les militaires entre 1804 et 1806, plusieurs personnes ont encore la perception que le Corps of Discovery avait un but scientifique. Cependant, le capitaine Robert Gray, négociant américain, avait navigué jusqu’à l’embouchure du fleuve Columbia en 1792 et il est important de considérer qu’il avait espoir de trouver un passage fluvial de l’Atlantique jusqu’au Pacifique. Essentiellement, ils cherchaient tous le Passage du Nord-Ouest qui avait été rejeté comme faux espoir par les expéditions océaniques plus d’une décennie auparavant. Le 20 juin 1803, Jefferson a écrit à Lewis de Washington, D.C. : « Le but de votre mission est d’explorer la rivière Missouri et tout affluent principal selon son cours et sa communication avec l’océan Pacifique pour voir si le Columbia, l’Oregon et la Colorado ou tout autre cours d’eau offre la communication maritime la plus directe et praticable au travers le continent dans le but de commercer ».
Lorsque l’expédition de Lewis et Clark est arrivée à l’estuaire du fleuve Columbia et sur les rives du Pacifique, elle avait besoin de logement pour l’hiver et à la manière militaire, ses membres ont construit une habitation fortifiée à Fort Clatsop, près de l’emplacement actuel de la ville d’Astoria, en Oregon. Le fort est devenu une base pour les groupes de chasseurs et de négociants avec les Clatsop et les Chinook. Durant leur séjour, Lewis s’est concentré sur l’étude de la faune locale tandis que Clark créait des cartes de la région.
